Dans une casserole, faites fondre le beurre à feu doux. Versez la farine en pluie et mélangez vigoureusement au fouet pour obtenir un roux. Sans cesser de remuer, versez le lait en filet. Continuez à mélanger jusqu'à épaississement de la béchamel. Salez, poivrez. Ajoutez la noix de muscade et le comté râpé. Laissez refroidir et réservez.
Beurrez un moule à soufflé (ou plusieurs moules individuels). Préchauffez le four à 210 °C (th. 7).
Séparez les blancs des jaunes d’œufs. Incorporez les jaunes un à un à la préparation refroidie. Montez les blancs en neige ferme : incorporez une pincée de sel et fouettez jusqu'à obtenir des pics fermes. Lorsque la béchamel est tiède (pas chaude), incorporez délicatement les blancs en neige avec une spatule, en soulevant la masse du bas vers le haut pour ne pas les casser.
Versez l'appareil dans le moule – ne remplissez pas jusqu'en haut, laissez 2 cm pour la pousse. Enfournez pour 40 minutes à 180 °C (th. 6). N'ouvrez pas la porte du four pendant la cuisson. Servez immédiatement, le soufflé ne vous attendra pas.